Des plafonds pour encadrer la prescription, pas la durée totale
Jusqu’ici, la durée d’une première prescription d’arrêt maladie n’était pas réglementée : un médecin pouvait prescrire plusieurs mois d’arrêt sans renouvellement. Depuis le 1er septembre 2026, l’article R. 162-1-7-1 du Code de la sécurité sociale fixe un plafond de 31 jours pour la première prescription. En cas de besoin, chaque prolongation est limitée à 62 jours (soit environ deux mois).
Ces plafonds s’appliquent aux prescriptions et prolongations établies à partir du 1er septembre 2026, y compris pour les arrêts débutés avant cette date dès qu’une prolongation est nécessaire après cette échéance. Ils concernent les médecins, mais aussi les chirurgiens-dentistes et les sage-femmes habilités à prescrire des arrêts. La règle ne s’applique pas à Mayotte.
Ce que la réforme ne change pas
- La durée totale d’un arrêt maladie n’est pas plafonnée : un(e) salarié(e) peut être arrêté(e) plusieurs mois, voire plus, via des renouvellements successifs.
- Le professionnel de santé peut déroger aux plafonds de 31 et 62 jours lorsque la situation médicale le justifie, en le mentionnant sur l’avis.
- Les arrêts prescrits ou renouvelés en téléconsultation restent limités à 3 jours, comme auparavant.
Un impact direct sur la gestion des absences en entreprise
Pour les employeurs et les services en charge du suivi (RH, paie, assistant(e)s), la réforme modifie surtout le rythme des renouvellements et la fiabilité des dates de fin d’arrêt.
Plus de renouvellements, plus de points de contrôle
Un arrêt qui aurait pu être prescrit en une fois pour 3 ou 6 mois devra désormais être découpé : par exemple, un premier arrêt de 31 jours, puis une ou plusieurs prolongations de 62 jours maximum. Concrètement, un arrêt de six mois nécessitera désormais au minimum trois prescriptions successives.
Cela se traduit par :
- Un nombre accru d’avis d’arrêt à recevoir, vérifier et saisir.
- Une attention renforcée aux dates de fin de chaque prescription pour éviter les ruptures de couverture (indemnités journalières, maintien de salaire, etc.).
- Un risque accru d’erreurs si les prolongations ne sont pas transmises à temps ou si les dates sont mal reportées dans les outils de gestion.
Indemnités journalières et paie : ce qu’il faut surveiller
Pour être indemnisé par l’Assurance Maladie, tout arrêt établi à compter du 1er septembre 2026 doit respecter ces limites de prescription, sauf dérogation médicalement justifiée. En pratique :
- Si un avis dépasse les plafonds sans motif médical clairement indiqué, la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) ou la MSA peut rejeter tout ou partie des indemnités journalières (IJ).
- Les services paie doivent donc vérifier systématiquement la cohérence entre la durée prescrite, les éventuelles dérogations et le calcul des IJ et du complément employeur.
Depuis le 1er juillet 2026, les IJ sont égales à 50% du salaire journalier de base à partir du 4e jour, dans la limite de 42,97 € brut par jour, avec un plafond de salaire pris en compte abaissé à 1,4 SMIC depuis avril 2025. Pour les salaires élevés, la perte de revenu peut dépasser 60% sans maintien employeur ou convention collective plus favorable.
Assistant(e)s : comment adapter vos pratiques ?
Pour les assistant(e)s en charge du suivi des absences, la réforme renforce la nécessité d’un processus clair et réactif.
- Mettre à jour les procédures de réception et de contrôle des arrêts
- Vérifier systématiquement la date de prescription et la durée indiquée sur chaque avis.
- S’assurer que les premières prescriptions à partir du 1er septembre 2026 ne dépassent pas 31 jours, et les prolongations 62 jours, sauf dérogation médicale explicite.
- En cas de dépassement, demander au/à la salarié(e) de faire préciser le motif médical sur l’avis ou de fournir un complément du professionnel de santé, afin de sécuriser l’indemnisation.
- Anticiper les renouvellements et éviter les ruptures
- Mettre en place un suivi proactif des dates de fin d’arrêt (tableau de bord, alertes dans l’outil RH, etc.).
- Rappeler aux salarié(e)s l’importance de transmettre rapidement les prolongations, idéalement avant la fin de la prescription en cours.
- Coordonner avec les RH et la paie pour vérifier l’impact sur les IJ et le maintien de salaire, notamment pour les arrêts longs ou à cheval sur plusieurs mois.
- Adapter la communication interne
- Informer les équipes et les managers que la durée totale d’arrêt n’est pas limitée à 31 ou 62 jours, mais que les prescriptions sont désormais découpées.
- Expliquer aux salarié(e)s que ces nouvelles règles ne remettent pas en cause leur droit à un arrêt long si leur état de santé le nécessite, mais qu’elles impliquent des renouvellements plus fréquents.
- Préciser les délais de transmission des avis (généralement 48 heures) et les conséquences en cas de retard sur les indemnités et le maintien de salaire.
Dérogations et cas particuliers
La loi prévoit explicitement la possibilité de déroger aux plafonds de 31 et 62 jours lorsque la situation médicale le justifie. Le professionnel de santé doit alors indiquer le motif sur l’avis d’arrêt.
Ces dérogations concernent notamment :
- Les pathologies lourdes ou nécessitant un suivi spécifique (traitements longs, chirurgies programmées, etc.).
- Les situations où la Haute Autorité de santé recommande des durées de prise en charge particulières.
Pour les assistant(e)s, il est essentiel de :
- Repérer ces avis « hors plafond » et s’assurer que le motif est bien mentionné.
- Archiver ces documents avec soin, car ils peuvent être demandés en cas de contrôle par la CPAM/MSA.
Fonction publique : les mêmes règles, un cadre spécifique
Dans la fonction publique, les mêmes plafonds s’appliquent à compter du 1er septembre 2026 : 31 jours pour la première prescription, 62 jours pour chaque prolongation. Des dérogations sont également possibles pour les agents publics, au vu de la situation médicale et des recommandations de la Haute Autorité de santé.
Les services RH et les assistant(e)s du secteur public doivent donc :
- Appliquer les mêmes contrôles de durée et de motif que dans le privé.
- Veiller à la cohérence avec les règles spécifiques de congés maladie de la fonction publique (traitements, délais de carence, etc.).
Cette réforme a pour objectif de renforcer la nécessité d’une gestion rigoureuse et proactive des arrêts maladie. Pour les assistant(e)s, elle peut être l’occasion de consolider les processus de suivi, de clarifier les rôles avec les RH et la paie, et d’outiller les équipes avec des procédures et des supports d’information à jour.
Laura FALCES
